
Höhlen sind äußerst empfindliche Lebensräume und wertvolle wissenschaftliche Archive. Natürlich sind sie auch aus ästhetischen Gründen erhaltenswert. Gerade die in Deutschland häufigen Karsthöhlen sind keine isolierten Gebilde und Verschmutzungen oder Abfälle gelangen sehr schnell und praktisch ungefiltert ins Grundwasser.
Auch in Schauhöhlen werden durch die zahlreichen Besucher viele Parameter beeinflusst, z.B. die Temperatur, die Luftfeuchtigkeit und der Kohlendioxidgehalt der Luft. Im Bereich der Lampen bildet sich oft die typische Lampenflora und zumindest in den erschlossenen Höhlenteilen sind Fledermäuse kaum zu finden. Andererseits sind die Schauhöhlen in der Regel weit weniger von Verschmutzung und von Zerstörungen betroffen, als nicht erschlossene Höhlen.
Das Naturphänomen Höhle ist in allen Bundesländern durch verschiedene Gesetze und Verordnungen geschützt und der Verband Deutscher Höhlen- und Karstforscher e.V. hat zum Thema Höhlenschutz folgende Regeln veröffentlicht.